[dennou-ruby:003618] Re: GPhys::Grib_IO で grib データを読みたい

[Seiya Nishizawa <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>]

西澤です

あ、rb-gribapi でなくて、 rb-grib でしたね。

最近触っていないので、遅いし、変数名も変わってしまうままです。

西澤誠也

2013年1月18日 19:08 Takeshi Horinouchi <horinout@xxxxxxxxxxxxxxxxx>:
> 堀之内です。
>
> そしたらあとは GRIB2 対応ね。しかし，
> http://ruby.gfd-dennou.org/products/rb-grib/
> って，まだあまりよくない状態 (遅いし，GRIB1のほうも
> 変数名がかわってしまう) のままでしたっけ？ ＞ 西澤さま
>
> ＃ （もしも変わってなければ）今のところの個人的お勧めは，
>    wgrib2 でデコードしてしまう，です。
>
>> 内藤です。
>>
>> 西澤くんもありがとうございます！
>>
>> 先ほど、石岡さんが gphys のバージョンを 1.2.2 に上げてくださいました。
>> おかげさまで T.jan.grib は問題なく読めるようになりました。
>>
>> まだ JRA データは読めていません。
>> ruby-gribapi を入れれば grib2 な JRA データも読めるようになるのかも。
>>
>> #----------------------
>> % dpkg -s gphys
>> Package: gphys
>> Status: install ok installed
>> Priority: optional
>> Section: ruby
>> Installed-Size: 3364
>> Maintainer: Youhei SASAKI <uwabami@xxxxxxxxxxxxxx>
>> Architecture: amd64
>> Version: 1.2.2-2
>> Depends: libc6 (>= 2.2.5), libruby1.8 (>= 1.8.7.302) | libruby1.9.1 (>=
>> 1.9.2.0), ruby | ruby-interpreter, ruby-narray, ruby-narray-miss,
>> ruby-netcdf, ruby-dcl, ruby-numru-units, ruby-numru-met,
>> ruby-numru-misc, ruby-fftw3, ruby-lapack, ruby-gsl | libgsl-ruby1.8,
>> ruby-gsl | libgsl-ruby1.9.1, libdap-dev
>> Recommends: ruby-gpv, ruby-nusdas, ruby-hdfeos5 | libhdfeos5-ruby1.8,
>> ruby-hdfeos5 | libhdfeos5-ruby1.9.1
>> Description: Multi-purpose class to handle Gridded Physical quantities
>>  comprehensive library for self-descriptive gridded physical data
>>  (in NetCDF, GrADS, or on memory) with graphics
>> Homepage: http://ruby.gfd-dennou.org/products/gphys
>> Ruby-Versions: ruby1.8 ruby1.9.1
>> #----------------------
>>
>> 内藤
>>
>> (2013/01/18 17:45), Seiya Nishizawa wrote:
>> > 西澤です
>> >
>> > gphys に入っている grib パーサーは、
>> > 元々 ruby で書いていましたが、
>> > ある時から、 C の拡張ライブラリを利用するように変更しました。
>> > (おそらく、1.1.0 から)
>> >
>> > 以下、推測も混じっています。
>> >
>> > 内藤さんのエラーは、その拡張ライブラリの中で、
>> > ファイルから取った文字列の中に、null 文字が埋め込まれている場合に出るものだと思います。
>> > ruby の1.8 のそれなりのバージョン以降を使っている場合は、
>> > その拡張ライブラリの中で、 null 文字があってもエラーとならないものを使うようになっているので、
>> > ruby のバージョンが古いとだめです。
>> > 詳しくいうと、
>> > StringValuePtr を使うと問題無いのですが、
>> > それが無い場合は、STR2CSTR を使います。
>> > これが問題を起こしているのだと想像します。
>> >
>> > 西本さんがうまくいく原因は、
>> > 拡張ライブラリを利用する前のバージョンだからでしょう。
>> >
>> >
>> > ちなみに、JRA データのエラーは、
>> > grib2 だからで、
>> > grib2 を読むためには、ruby-gribapi が必要です。
>> >
>> >
>> > 西澤誠也
>> >
>> >
>> >
>> > 2013年1月18日 16:57 西本絵梨子 <eriko@xxxxxxxxxxxxxx>:
>> >> 内藤さん
>> >>
>> >> Debian lenny なマシンとgphys-1.0.0-1という、とっても古い組み合わせで、
>> >> チュートリアルのgribデータを読んでみると、成功しました。
>> >> なので、バージョンが原因ではなさそうです。
>> >>
>> >> $ ruby -v
>> >> ruby 1.8.7 (2008-08-11 patchlevel 72) [x86_64-linux]
>> >> $ wget http://www.gfd-dennou.org/library/ruby/products/gphys/tutorial/T.jan.grib
>> >> $ irb
>> >> irb(main):001:0> require "numru/gphys"
>> >> => true
>> >> irb(main):002:0> NumRu::GPhys::Grib_IO.var_names("T.jan.grib")
>> >> => ["TMP"]
>> >>
>> >> debianパッケージをインストールされているようなので、再インストール(aptitude reinstall)してみると
>> >> 状況がかわったりしないでしょうか?
>> >>
>> >> 西本
>> >>
>> >> 2013/1/18 Yoko NAITO <naito@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> >>> 内藤です。
>> >>>
>> >>> 堀之内さん、ありがとうございます！
>> >>>
>> >>> ▼ GPhys のバージョン
>> >>> こちらは 1.1.0-3 です。堀之内さんが試してくださったのが 1.2.2 。
>> >>> 1.2.0 の時に GRIB2 のサポートが加わったようですが関係あるでしょうか？
>> >>>
>> >>> ▼ データファイル T.jan.grib
>> >>> ダウンロードし直して diff を取ってみましたが違いがありませんし、
>> >>> inspect_varnames.rb の結果も変わりませんね。。。
>> >>> wget
>> >>> http://www.gfd-dennou.org/library/ruby/products/gphys/tutorial/T.jan.grib
>> >>> したのですが、付け忘れているオプションなどあるでしょうか？
>> >>>
>> >>> あと書き忘れましたが debian squeeze です。
>> >>> 引き続き、みなさまのご助言をいただければ幸いです。
>> >>>
>> >>> 内藤
>> >>>
>> >>> (2013/01/18 13:09), Takeshi Horinouchi wrote:
>> >>>> 堀之内です。
>> >>>>
>> >>>>> 旧チュートリアルから T.jan.grib と contour1000mb_grib.rb を
>> >>>>> 取ってきて実行すると、下記のようなエラーが出ます。
>> >>>>
>> >>>> とりあえずこれについてのみ。
>> >>>>
>> >>>> 私のところでは正常に実行できます
>> >>>> (内藤さんとおなじく ruby 1.8 で， GPhysは 1.2.2)。
>> >>>> 使ってるGPhysのバージョンはなんでしょう？
>> >>>> （あまりGPhysのバージョンに左右されそうに
>> >>>> ないですが）。また，grib ファイルが壊れたりしてませんか。
>> >>>>
>> >>>>> 内藤＠京大です。
>> >>>>>
>> >>>>> GPhys で grib データを読もうとして、はまっています。
>> >>>>> JRA-25 のデータを読みたいのですが、それ以前に、
>> >>>>> 旧チュートリアルにある T.jan.grib がちゃんと読めません。
>> >>>>> 初歩的な躓きかもしれませんが、アドバイスいただけないでしょうか。
>> >>>>>
>> >>>>> 旧チュートリアルから T.jan.grib と contour1000mb_grib.rb を
>> >>>>> 取ってきて実行すると、下記のようなエラーが出ます。
>> >>>>> inspect_varnames.rb でも同様です。
>> >>>>>
>> >>>>> #----------------------
>> >>>>> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:377:in `to_uint1': string contains
>> >>>>> null byte (ArgumentError)
>> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:377:in `version'
>> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:210:in `parse'
>> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:1431:in `parse'
>> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:1411:in `open'
>> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_grib_io.rb:80:in `open'
>> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_io.rb:121:in `open'
>> >>>>>           from contour1000mb_grib.rb:3
>> >>>>> #----------------------
>> >>>>>
>> >>>>> また、JRA-25 のデータファイル (たとえば anl_mdl.197901.gr) を
>> >>>>> inspect_varnames.rb もどき
>> >>>>> #----------------------
>> >>>>> require "numru/ggraph"
>> >>>>> p NumRu::GPhys::Grib_IO.var_names('anl_mdl.197901.gr')
>> >>>>> p NumRu::GPhys::IO.var_names('anl_mdl.197901.gr')
>> >>>>> #----------------------
>> >>>>> で読もうとすると、別のエラーが出ます。
>> >>>>>
>> >>>>> #----------------------
>> >>>>> This Grib version (201) has not supported yet
>> >>>>> []
>> >>>>> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_io.rb:257:in `var_names': undefined
>> >>>>> method `var_names' for nil:NilClass (NoMethodError)
>> >>>>>           from inspect_varnames_JRA.rb:3
>> >>>>> #----------------------
>> >>>>>
>> >>>>> それぞれ問題が違うような気もするのですが、いずれにしても
>> >>>>> どうしたらよいかわからなくて困っています。
>> >>>>> どなたかお知恵を貸してください。よろしくお願いします。
>> >>>>>
>> >>>>> ------------------------------------------------------------
>> >>>>> 内藤 陽子 <naito@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>
>> >>>>
>> >>>> 堀之内 武
>> >>>> 北海道大学 地球環境科学研究院 地球圏科学部門
>> >>>> 〒060-0810 札幌市北区北10条西5丁目
>> >>>>
>> >>>
>> >>
>> >
>> >
>> >
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> 堀之内 武
> 北海道大学 地球環境科学研究院 地球圏科学部門
> 〒060-0810 札幌市北区北10条西5丁目
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